Tereny zajmowane współcześnie przez wieś Fletnowo należały w średniowieczu do posiadłości rycerskich rodów będących właścicielami Grupy. Słaba jakość tutejszych gruntów spowodowała, iż przez długi czas pozostawały one niezasiedlone. Dopiero około połowy XVII wieku założono tu wieś, którą stworzyły zagrody usytuowane w rzędzie rozciągającym się wzdłuż przepływającej przez Fletnowo rzeki Raczki. Nazwa tego niewielkiego dopływu Mątawy pochodzi zapewne od raków, które niegdyś obficie występowały w jego płytkich wodach.
Pierwsze informacje poświadczające istnienie Fletnowa pochodzą dopiero z 1676 roku. Wieś zamieszkiwało wówczas ponad 230 osób o niemiecko brzmiących nazwiskach. Można przypuszczać, że większość z nich była przybyszami z Pomorza Zachodniego lub innych krajów Rzeszy spustoszonych przez działania militarne wojny trzydziestoletniej (1618-1648). Najpóźniej około połowy XVII wieku rodzina Konarskich z Grupy przekazała im w dzierżawę okoliczne grunty na zasadach typowych dla osadnictwa olęderskiego. Zdecydowaną większość wśród mieszkańców wsi stanowili od początku luteranie. Dzięki tolerancji ze strony szlacheckich właścicieli Fletnowa, wznieśli oni w tej miejscowości własny dom modlitwy. Informacje o jego istnieniu pochodzą z pierwszej połowy XVIII wieku. Najprawdopodobniej był on zlokalizowany w sąsiedztwie kościoła i pełnił jednocześnie funkcję szkoły, przy której mieszkał opłacany przez mieszkańców nauczyciel. Mniejszą część fletnowskich olędrów stanowili mennonici, których obecność w tej miejscowości została po raz ostatni poświadczona w 1745 roku.
Rozwój wsi hamowały trudne warunki gospodarowania. Słabe gleby dawały małe dochody z upraw zbożowych, zaś brak wydajnych łąk uniemożliwiał prowadzenie na większą skalę hodowli bydła. Dotkliwe straty przynosiły przetaczające się przez region konflikty zbrojne i epidemie. W wyniku tych niekorzystnych uwarunkowań liczba osób zamieszkałych we Fletnowie zmalała między 1676 a 1772 rokiem do 165 osób. Część z nich zmuszona była do szukania dodatkowego dochodu podejmując się zajęć rzemieślniczych. W momencie zajęcia okolicznych terenów przez Królestwo Prus w ramach pierwszego rozbioru, wszyscy mieszkańcy Fletnowa byli luteranami. We wsi funkcjonował wówczas cmentarz i szkoła, w której spotykano się również na wspólne nabożeństwa.
W czasach zaboru pruskiego przez Fletnowo poprowadzono główną drogę łączącą Świecie i Nowe, co wpłynęło na przyspieszenie rozwoju wsi. Na przełomie XIX i XX wieku w sąsiedztwie starszej, drewnianej zabudowy, pojawiły się wzniesione z cegły nowe obiekty, m.in. szkoła oraz obsługujące podróżnych gospody. Dobrą renomą cieszył się zwłaszcza „Zajazd pod Trzema Murzynami”, przy którym znajdował się przyjemny ogród z kręgielnią (obecnie sklep przy drodze nr 91). Z biegiem lat zwiększała się liczba mieszkańców. W 1905 roku odnotowano we Fletnowie 418 osób, w tym 140 Polaków wyznania rzymskokatolickiego. Poważne zmiany w strukturze miejscowej społeczności spowodował odpływ ludności niemieckiej po pierwszej wojnie światowej. W 1921 roku Niemcy wyznania ewangelickiego stanowili już tylko jedną trzecią mieszkańców Fletnowa. Po 1945 roku ich rodziny zostały zmuszone do opuszczenia wsi, a zajmowane przez nich domostwa przekazywano Polakom.
W latach powojennych Fletnowo przez długi czas zachowywało charakter typowo rolniczego osiedla. Okresem zmian okazały się lata transformacji ustrojowej po 1989 roku, gdy wraz ze wzrostem natężenia ruchu samochodowego przy przebiegającej przez wieś drodze krajowej zaczęły powstawać nowe punkty handlowo-usługowe związane z obsługą podróżnych. Ich rozwój zahamowało otwarcie w 2008 roku biegnącego w pobliżu odcinka autostrady A1.
Na obszarze Fletnowa przetrwały do dzisiaj nieliczne świadectwa przeszłości. Należy do nich nieużytkowany od 1945 roku cmentarz ewangelicki, który uległ w latach powojennych stopniowej dewastacji. Obecnie znajduje się pod opieką Urzędu Gminy Dragacz. Prowadzone w ostatnich latach prace porządkowe oczyściły cmentarz z dziko rosnącej roślinności, co pozwoliło uwidocznić zachowane szczątkowo elementy dawnych nagrobków oraz podział przestrzeni na kwatery rozdzielone aleją. W cieniu okazałych klonów i wysokiego dębu można tu odnaleźć kilkadziesiąt mogił obmurowanych z końca XIX wieku i pierwszej połowy kolejnego stulecia. Niektóre z nich są ozdobione symbolami wyrażającymi wiarę, miłość i nadzieję (krzyż, serce i kotwica) lub żal po stracie bliskiej osoby (putta ze złożonymi skrzydłami).
Warto zwrócić uwagę na wciąż istniejące we Fletnowie pozostałości drewnianej zabudowy typowej dla wsi olęderskich. Należy do nich dom nr 30 zbudowany w 1857 roku w konstrukcji wieńcowej, mieszczący pod jednym dachem część gospodarczą i mieszkalną z zachowanymi elementami oryginalnej stolarki okiennej i drzwiowej. Ciekawym obiektem jest również budynek szkoły z 1898 roku zlokalizowany w pobliżu cmentarza. Do czasów współczesnych przetrwał także zlokalizowany przy drodze krajowej nr 91 budynek dawnej Gospody pod Trzema Murzynami.
Miejscem o dużych walorach przyrodniczych jest położone w pobliżu wsi Jezioro Fletnowskie. Wraz z otaczającym je obszarem stanowi ono rezerwat przyrody utworzony w celu zachowania unikalnej pod względem geomorfologicznym rynny jeziora, będącej charakterystycznym elementem krajobrazu ukształtowanego przez lodowiec. W otoczeniu płytkiego zbiornika wodnego występują głównie gleby torfowe, które porasta roślinność typowa dla terenów podmokłych. Na terenie rezerwatu zachowały się również ślady gospodarczej działalności człowieka – fragmenty grobli oraz doły pozostałe po wydobywaniu torfu.
