Wielki Lubień to jedna z najstarszych wsi położonych na terenie gminy Dragacz. Pod nazwą Lubin wzmiankowana była już w dokumencie z 1295 roku. W początku XIV wieku, być może nawet przed 1309 rokiem, okolice wsi zostały zajęte przez krzyżaków i włączone do komturstwa grudziądzkiego. Nowi władcy nadali wsi prawo niemieckie, ufundowali w niej kościół parafialny i założyli w sąsiedztwie własny folwark specjalizujący się w hodowli koni i bydła. Najpóźniej w początku XV w. tutejsza okolica została częściowo zabezpieczona przyd wysoką wodą w Wiśle pierwszym wałem przeciwpowodziowym. W wyniku wojny trzynastoletniej (1454-1466) Lubień znalazł się w granicach Królestwa Polskiego i wszedł w skład dóbr należących do starostwa grudziądzkiego.
Okolice wsi w ciągu XV i XVI wieku uległy częściowemu wyludnieniu, na co wpłynąć mogły działania wojenne z czasów polsko-krzyżackich konfliktów i uciążliwe powodzie. Jeszcze w latach sześćdziesiątych XVI wieku tereny Lubienia użytkowane były jedynie jako pastwiska. Sytuacja zmieniła się diametralnie, gdy niedługo po 1570 roku starostwa grudziądzki Fabian Czema zdecydował się osiedlić na tutejszych gruntach przybyszy z Holandii. Nowi osadnicy zagospodarowali najpierw tereny dawnego krzyżackiego folwarku. Założona przez nich osada otrzymała nazwę Mały Lubień. Niedługo potem, w 1591 roku, Holendrom przekazano również pozostały obszar wsi wraz z opustoszałym kościołem, nazywany odtąd Wielkim Lubieniem.
Olędrzy – bo tak zaczęto nazywać przybyszy - przeobrazili tutejszy krajobraz zmieniając topografię obu osad. Nowe zagrody rozmieszczono wzdłuż wału wiślanego w układzie typowym dla tzw. rzędówki. Pola podzielono na szerokie pasy ciągnące się od głównej drogi aż do koryta rzeki Mątawy. Dziełem olędrów była także sieć rowów odwadniających, które usprawniałydziałalność rolniczą na terenach narażonych na częste wylewy Mątawy. Duże znaczenie miał zwłaszcza poprowadzony już w 1592 roku główny kanał przebiegający przez Wielki Lubień, Dragacz i Zajączkowo. Trzynaście lat później mieszkańcy Wielkiego i Małego Lubienia zawarli porozumienie z innymi olędrami z Dragacza, Wielkiego i Małego Zajączkowa, Mątaw i Komorska, którego celem była organizacja wspólnego czyszczenia rzeki Mątawy. Przeprowadzano je kilka razy w roku, aby zapewnić swobodny przepływ wód i uniknąć ich spiętrzenia z powodu zatorów. Olędrzy z Wielkiego i Małego Lubienia byli jednocześnie odpowiedzialni za utrzymywanie w dobrym stanie nadwiślańskich wałów przeciwpowodziowych.
Odnawiane w XVII i XVIII w. kontrakty zezwalały olędrom z Wielkiego i Małego Lubienia na posiadanie samorządu, prowadzenie nieograniczonej sprzedaży własnych produktów (w tym spławianie ich Wisłą), utrzymywanie rybaków i rzemieślników oraz posiadanie własnego kramu (tzw. hakbudy). Starostowie gwarantowali również mieszkańcom wsi wolność osobistą i wolność wyznania. Ta ostatnia była szczególnie ważna dla osiadłych w tym miejscu protestantów. Zachowane źródła wskazują, że zdecydowaną większość z nich już od końca XVI w. mogli stanowić mennonici. Nazwą tą określa się anabaptystów, którzy w swym duchowym i wspólnotowym życiu kierują się wskazówkami duchowego przywódcy, holenderskiego reformatora religijnego, Mennona Simonsa (1496-1561). Do wyróżniających ich cech należał chrzest dorosłych, uznawanie tylko dwóch sakramentów (chrzest i komunia), brak struktur kościelnych, zakaz uczestnictwa w wojnach i składania przysiąg. Początkowo mennonici zajęli nawet lubieński kościół, jednak w wyniku kontrreformacyjnych działań biskupów włocławskich popieranych przez króla Zygmunta III zmuszeni zostali do oddania go katolikom. Aż do pierwszej połowy XVIII wieku zwolennicy doktryny Mennona Simonsa stanowili większość wśród mieszkańców Małego i Wielkiego Lubienia. Należeli do gminy mającej swą główną siedzibę w Mątawie. W 1689 roku otrzymali od króla Jana III Sobieskiego specjalny przywilej, który zwalniał ich z konieczności płacenia dziesięcin i innych opłat na rzecz kościoła w Wielkim Lubieniu.
W okresie staropolskim wsie Wielki i Mały Lubień były wielokrotnie narażone na zniszczenia powodowane przez spiętrzającą się na wiosnę Mątawę i przerywającą wały Wisłę, która nierzadko nanosiła na pola uprawne grubą warstwę nieurodzajnego piasku. Straty przynosiły też działania militarne związane z przemarszami wojsk w czasie wojen Polski ze Szwecją. W tych trudnych okolicznościach mieszkańcy Wielkiego i Małego Lubienia wraz z sąsiadami z innych pobliskich wsi olęderskich otrzymywali od polskich królów przywileje zwalniające ich okresowo z konieczności płacenia czynszu dzierżawnego lub oddawania kontrybucji na rzecz przebywających w okolicy wojsk (m.in. w 1623 i 1651 roku).
W momencie zajęcia Pomorza Gdańskiego przez Królestwo Prus w ramach pierwszego rozbioru Polski (1772) Wielki Lubień liczył 274 mieszkańców, zaś Mały Lubień – 49. Większość gospodarstw była wówczas własnością mennonitów, ale wśród biedniejszych mieszkańców wsi występowali także luteranie i katolicy. Kolejne dziesięciolecia przyniosły szereg trudności. Część rodzin wyznania mennonickiego wyemigrowała stąd do Rosji, uciekając w ten sposób od prawnych ograniczeń nałożonych na tę grupę religijną przez Prusy. Mennonitom nie wolno było bowiem nabywać ziemi od osób innego wyznania, obciążono ich również wysokim podatkiem, który płacili w zamian za zwolnienie z obowiązku służby w pruskim wojsku. Aż do lat sześćdziesiątych XIX wieku odmawiano im również prawa nabycia pełnej własności użytkowanych gruntów.
Mały i Wielki Lubień mocno ucierpiały w okresie wojen napoleońskich z powodu wyniszczającego okolicę oblężenia Grudziądza w 1807 rokuoraz wielkich powodzi, z których największe przydarzyły się w latach 1855 i 1888. Pewne utrudnienia w rozwoju wsi spowodowała również budowa na ich obszarze elementów fortyfikacji twierdzy grudziądzkiej – Lunety Górnej, Dolnej i Krzyżowej. W 1920 roku Wielki i Mały Lubień zostały włączone do odrodzonej Polski. Zmiana granic spowodowała emigrację wielu rodzin nie mogących pogodzić się z przynależnością Pomorza do II Rzeczypospolitej. W okresie międzywojennym przewagę liczbową wśród mieszkańców wsi osiągnęli Polacy, ale większe gospodarstwa nadal pozostawały w rękach niemieckojęzycznych luteranów i mennonitów.
Rosnące napięcia między Niemcami a Polakami doprowadziły do dramatycznych wydarzeń podczas drugiej wojny światowej. Wstępem do nich było prewencyjne internowanie przez władze polskie przedstawicieli miejscowej mniejszości niemieckiej w pierwszym dniu września 1939 roku. Podczas ich ewakuacji przed zbliżającym się frontem zginął jeden z Niemców zamieszkały w Wielkim Lubieniu. Znacznie większe straty dotknęły ludność polską. Przynajmniej pięcioro Polaków zWielkiego i Małego Lubieniazostało rozstrzelanych w masowych egzekucjach przeprowadzanych przez zbrodniczą organizację Selbstschutz w pierwszych miesiącach drugiej wojny światowej. W lutym 1945 roku na terenie Wielkiego i Małego Lubienia doszło do zaciętych walk między wojskami hitlerowskimi a zdobywającą Grudziądz Armią Czerwoną. W obliczu zbliżającego się frontu i zagrożeń ze strony sowieckich władz, większość mieszkających w obu miejscowościach Niemców zdecydowała się na ucieczkę – jak się potem okazało - bez możliwości powrotu. Opuszczone przez nich gospodarstwa zajęli Polacy z różnych stron Polski, w tym przesiedleńcy z kresów wschodnich.
W latach powojennych obie wsie, połączone w jedno sołectwo Wielki Lubień, zachowały tradycyjny charakter osiedla rolniczego z niemal nienaruszonym historycznym układem przestrzennym ukształtowanym jeszcze przez olędrów. W sierpniu 1967 roku wieś nawiedził tragiczny pożar, który strawił aż siedem zabudowań. Z biegiem lat wielu mieszkańców zaczęło specjalizować się przede wszystkim w hodowli warzyw. Ważne miejsce w życiu miejscowej społeczności zajmował sport – istniejący w Wielkim Lubieniu klub piłkarski „Zryw” cieszy się długą tradycją sięgającą 1948 roku.
Na terenie wsi zachowało się wiele ciekawych obiektów związanych z przeszłością Małego i Wielkiego Lubienia. Najstarszym z nich jest kościół parafialny pod wezwaniem św. Jakuba Apostoła. Wybudowano go z cegły i kamienia polnego około 1680 roku na miejscu zajmowanym wcześniej przez świątynię funkcjonującą tu do czasów reformacji. Powiększony o prezbiterium i część nawy w połowie XIX wieku, zachował do dzisiaj trzy barokowe ołtarze. Ciekawostką jest umieszczona wewnątrz kościoła tabliczka wskazująca poziom wody odnotowany w czasie wielkiej powodzi z 1855 roku. Na przykościelnym cmentarzu znajduje się grób nieznanych żołnierzy polskich poległych w okolicy w pierwszych dniach września 1939 roku. W pobliżu świątyni rośnie pomnik przyrody – potężny kilkusetletni dąb szypułkowy o obwodzie ponad pięciu metrów.
Wielki Lubień jest również miejscem, w którym zobaczyć można wiele budynków związanych z osadnictwem olęderskim, pochodzących nawet z pierwszej połowy XIX stulecia. Są to zarówno przykłady dużych zagród, łączących pod jednym dachem część mieszkalną i gospodarczą (domy nr 47, 48), jak i mniejszych budynków, wśród których wyróżnia się kryty strzechą dom nr 78 pełniący w przeszłości funkcję wiejskiej szkoły. Wszystkie te obiekty zachowały elementy dawnej, charakterystycznej dla tego rodzaju budownictwa stolarki drzwiowej i okiennej. Przy budynku nr 78 przetrwał również stary cmentarz protestancki, użytkowany do 1945 roku przez mennonitów i ewangelików zamieszkujących Wielki i Mały Lubień. Zachowały się na nim nagrobki i obmurowane mogiły pochodzące z końca XIX i pierwszej połowy XX wieku. Wiele z nich posiada wciąż czytelne inskrypcje zawierające nazwiska i daty życia zmarłych oraz cytaty z Biblii, modlitw i pobożnych pieśni. Miłośników historii wojskowości zaciekawią ślady fortyfikacjiz okresu wojen napoleońskich i pierwszej połowy XIX wieku, należących do systemu umocnień twierdzy grudziądzkiej. Są nimi pozostałości trzech lunet, czyli dzieł obronnych składających się z wałów i fos, zlokalizowane w pobliżu wału przeciwpowodziowego.
